Následkem environmentálních a socioekonomických změn včetně postupující globalizace se objevují nové ekologické výzvy.
Pravděpodobně nejvýznamnější z nich jsou nově se objevující infekční onemocnění, změny ve struktuře krajiny a povrchových vodách nebo klimatické změny. Cílem výzkumného směru Obecná ekologie je mezioborové komplexní studium ekologických interakcí obratlovců a jejich prostředí. Typická témata výzkumu se zaměřují na tyto oblasti:
- funkce ekosystémů (především v zemědělské krajině);
- biotopové preference, struktura společenstev a její změny;
- ekologie infekčních nemocí, včetně biologie vektorů a eko-epidemiologie zoonóz;
- implementace konceptu „One health“ pro studium nově se objevujících patogenů;
- potravní ekologie včetně loveckých strategií a struktury potravy;
- ekologie ohrožených a invazních druhů;
- ekologie hibernace.